Por la Zona Cuyo se conformarán cinco zonas de cuatro equipos cada una. La Zona 3 estará integrada por los conjuntos de San Rafael, Pilares y Rincón del Atuel, junto a los equipos alvearenses, Andes FC y Argentino.
Se disputará por el sistema de puntos, todos contra todos, en partidos de ida y vuelta, uno en cada sede. La primera fecha será el 5 de febrero con el partido entre Rincón del Atuel y Pilares y Argentino ante Andes. La segunda fecha se disputará el 12 de febrero con Pilares vs. Argentino y Andes vs. Rincón. La tercera fecha será el 19 de febrero con Andes vs. Pilares, y Rincón vs. Argentino.
Luego el 26 de febrero se disputará la cuarta fecha con Pilares vs. Rincón y Andes vs. Argentino. La quinta fecha será el 5 de marzo con Argentino vs. Pilares y Rincón vs. Andes. Mientras que la sexta fecha se jugará el 12 de marzo entre Pilares vs. Andes y Argentino vs. Rincón.
Y después clasificarán a la Segunda Fase de la Etapa Final los ubicados en el primer lugar de todas las zonas (Total: cinco 5 equipos). A la Primera Fase de la Etapa Final clasifican los ubicados en el segundo lugar de todas las zonas y el mejor tercero de todas las zonas (Total 6 equipos).
La Etapa Final se dará de la siguiente manera:
Primera Fase: Estará integrada por los seis equipos clasificados de la Etapa Clasificatoria, disputándose por eliminación a doble partido, uno en cada sede, los ganadores clasifican a la Segunda Fase.
Segunda Fase: Estará integrada por los cinco equipos clasificados de la Etapa Clasificatoria y por los tres equipos ganadores de la Primera Fase, disputándose por eliminación a doble partido, uno en cada sede, los ganadores clasifican a la Tercera Fase.
Tercera Fase: Estará integrada por cuatro equipos clasificados de la Segunda Fase, disputándose por eliminación a doble partido, uno en cada sede, los ganadores clasifican a la Cuarta Fase.
Cuarta Fase: Estará integrada por dos equipos clasificados de la Tercera Fase, disputándose por eliminación a doble partido, uno en cada sede, el ganador asciende al Torneo Federal B 2017.
